Отсчет своей истории ведомственное образовательное учреждение ведет с 11 марта 1977 года, когда приказом МВД СССР № 152 была создана Краснодарская школа усовершенствования начальствующего состава милиции МВД СССР (КШУНСМ МВД СССР).
3 мая 1994 года, в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации № 427, создан Краснодарский юридический институт МВД России (КЮИ МВД России). В июне избран ученый совет института. За годы существования специальной средней школы милиции подготовлено свыше 2500 офицеров милиции со средним специальным юридическим образованием, около одной тысячи сотрудников органов внутренних дел получили юридическую квалификацию, обучаясь заочно.
В 2000 году в институте сформировано научное направление "Социальный порядок и толерантность".
В сентябре 2003 года в состав академии передан Нальчикский филиал Ростовского юридического института МВД России. Спустя месяц создан Грозненский филиал академии.
Краснодарский университет МВД России (КрУ МВД России) создан в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 1 февраля 2006 года № 106-Р, путем слияния Краснодарской академии МВД России с ее структурно-обособленными подразделениями (филиалами), Астраханской и Махачкалинской специальными средними школами милиции МВД России.
В настоящее время университет является одним из ведущих учебных, методических и научных центров МВД России по подготовке, переподготовке и повышению квалификации сотрудников органов и учреждений внутренних дел по специальностям и направлениям деятельности, определяемым Министерством внутренних дел России.
Вуз реализует широкий спектр образовательных услуг для различных категорий обучающихся по программам среднего, высшего профессионального и послевузовского образования в соответствии с Государственными образовательными стандартами, а также проводит научные исследования в сфере правоохранительной и других видов деятельности, входящих в компетенцию МВД России.